O projeto 100% Resíduos consiste na separação seletiva das várias fileiras de resíduos produzidos na escola, nomeadamente papel/cartão, plástico/metal, vidro, tampinhas de plástico, rolhas de cortiça, pilhas, óleo alimentar usado e escovas de dentes.

Um dos principais focos será fazer compreender a transição da designação de lixo a recursos e promover a separação seletiva de todos os resíduos existentes na escolas os quais são entregues à recolha, todas as terças e quintas-feiras.
Desta feita quase todas as turmas do 2.º e 3.º CEB usufruíram de uma sessão de formação por parte de um membro da equipa do ambiente da Câmara Municipal para incentivar a esta cidadania ativa.

O projeto Biorresíduos pretende transmitir o valor que, cerca dos 40% dos resíduos que produzimos, têm. Os resíduos resultantes da confeção de alimentos e manutenção de jardins são a maior fatia de resíduos existentes no contentor. Apesar da recolha seletiva deste resíduo ser obrigatória a partir de dezembro de 2023, nas escolas de S. João da Madeira este projeto teve início a 19 de setembro de 2022. As turmas de 8.º ano, inserido nos conteúdos programáticos de Ciências Naturais usufruíram de uma sessão formativa orientada por uma técnica da equipa do ambiente da Câmara Municipal.